Dibawah rezim UU No. 12/2012, pengelolaan keuangan PTN terbagi menjadi tiga jenis. PTN Satker (Satuan Kerja) tidak memiliki otonomi keuangan dimana sumber pendanaan dan pembiayaan PTN seluruhnya bersumber dari APBN. Sedangkan PTN BLU (Badan Layanan Umum) memiliki otonomi keuangan, khususnya sumber keuangan yang berasal dari PNBP (Penerimaan Negara Bukan Pajak). Sedangkan PTN BH (Badan Hukum) memiliki otonomi keuangan tertinggi dimana PTN diberikan ruang seluas-luasnya untuk menggali sumber pendanaan selain dari APBN.
Sejak dimulai oleh UU No. 12/2012, hingga kini terdapat 21 kampus negeri yang menyandang status PTN-BH, antara lain PTN ternama dan terbaik di negeri ini seperti UI, ITB, UGM, IPB, Unbraw, Unair dan Unpad. Status PTN-BH membuat kampus negeri dapat menerima dana dari masyarakat sehingga PTN dapat meningkatkan kualitas penyelenggaraan Pendidikan tinggi.
Namun, alih-alih mengejar pendanaan dari perusahaan atau individu ultra-kaya, pendanaan dari masyarakat lebih banyak diterjemahkan PTN-BH secara sederhana: memungut dana dari peserta didik. Optimalisasi penerimaan dana dari masyarakat berimplikasi pada semakin mahalnya biaya kuliah di PTN. Kegagalan PTN mengoptimalkan pendanaan dari perusahaan atau individu ultra-kaya, harus dibayar mahal dengan biaya kuliah yang semakin menggigit oleh peserta didik. PTN menjadi semakin sulit diakses oleh mahasiswa miskin. Ironisnya, semakin mahalnya biaya kuliah tidak selalu berkorelasi dengan mutu penyelenggaraan pendidikan tinggi yang semakin baik.
Secara konseptual, pemberian otonomi dan kemandirian pengelolaan keuangan kepada PTN akan meningkatkan mutu pengajaran, penelitian dan pengabdian masyarakat, antara lain melalui kemampuan mendiversifikasi pendapatan selain dari APBN. Dalam skenario ideal, diversifikasi pendapatan akan mendorong transformasi pendanaan universitas sehingga tidak bergantung kepada APBN dan juga tidak mengandalkan pungutan dari peserta didik. Namun yang terjadi kecenderungan komersialisasi pendidikan di PTN menguat seiring turunnya dukungan APBN.
